Las invasiones inglesas parecen descubrir en Saavedra una nueva vocación: la militar. Dice en sus memorias: "Este fue el origen de mi carrera militar. El inminente peligro de la patria; el riesgo que amenazaba nuestras vidas y propiedades, y la honrosa distinción que habían hecho los hijos de Buenos Aires prefiriéndome a otros muchos paisanos suyos para jefe y comandante, me hicieron entrar en ella".
Durante las invasiones inglesas el cuerpo de Patricios, el más importante de la capital virreinal, lo eligió como comandante. Desde 1808 participó en las reuniones de la jabonería de Vieytes y en la casa de Rodríguez Peña, en la que se destacaba por su moderación y una prudencia que a muchos de sus compañeros les resultaba excesiva. Cumplió un papel destacado en los hechos de mayo. En la reunión de comandantes del 20 de mayo negó su apoyo a Cisneros. Dos días después, en el Cabildo Abierto del 22, votó a favor de la destitución del virrey.
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Cabildo abierto (22 de mayo de 1810)
Fue designado presidente de la Junta formada el 25 de mayo, pero su nuevo cargo no parecía agradarle demasiado, según lo cuenta en sus memorias:
Con las más repetidas instancias, solicité al tiempo del recibimiento se me excuse de aquel nuevo empleo, no sólo por falta de experiencia y de luces para desempeñarlo, sino también porque habiendo dado tan públicamente la cara en la revolución de aquellos días no quería se creyese había tenido particular interés en adquirir empleos y honores por aquel medio. A pesar de mis reclamos no se hizo lugar a mi separación. El mismo Cisneros fue uno de los que me persuadieron aceptase el nombramiento por dar gusto al pueblo. Tuve al fin que rendir mi obediencia y fui recibido de presidente y vocal de la excelentísima Junta (…) Por política fue preciso cubrir a la junta con el manto del señor Fernando VII a cuyo nombre se estableció y bajo de él expedía sus providencias y mandatos. Con las más repetidas instancias, solicité al tiempo del recibimiento se me excuse de aquel nuevo empleo, no sólo por falta de experiencia y de luces para desempeñarlo, sino también porque habiendo dado tan públicamente la cara en la revolución de aquellos días no quería se creyese había tenido particular interés en adquirir empleos y honores por aquel medio. A pesar de mis reclamos no se hizo lugar a mi separación. El mismo Cisneros fue uno de los que me persuadieron aceptase el nombramiento por dar gusto al pueblo. Tuve al fin que rendir mi obediencia y fui recibido de presidente y vocal de la excelentísima Junta (…) Por política fue preciso cubrir a la junta con el manto del señor Fernando VII a cuyo nombre se estableció y bajo de él expedía sus providencias y mandatos.
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Saavedra - Moreno. Rivalidad entre miembros del primer gobierno patrio
El presidente Saavedra chocará muy pronto con su secretario de Guerra y Gobierno, Mariano Moreno.
Moreno encarnaba el ideario de los sectores que propiciaban algo más que un cambio administrativo. Se proponían cambios económicos y sociales más profundos. Pensaban que la revolución debía controlarse desde Buenos Aires.
Saavedra, en cambio, representaba a los sectores conservadores favorables al mantenimiento de la situación social anterior y era partidario de compartir las decisiones de gobierno con las otras zonas del territorio.
El 5 de diciembre de 1810, se produjo una fiesta en el regimiento de Patricios. Uno de los asistentes que había tomado algunas copas de más, el capitán Atanasio Duarte, propuso un brindis "por el primer Rey y Emperador de América, Don Cornelio Saavedra" (jefe del regimiento) y le ofreció una corona de azúcar que adornaba una torta a doña Saturnina, esposa de Saavedra.
Al enterarse del episodio, el secretario Moreno decretó el destierro de Atanasio Duarte diciendo que "… un habitante de Buenos Aires ni ebrio ni dormido debe tener expresiones contra la libertad de su país "; prohibió todo brindis o aclamación pública a favor de cualquier funcionario y suprimió todos los honores especiales de que gozaban los miembros de la junta. La pelea entre Moreno y Saavedra estaba desatada.
Moreno, preocupado por los sentimientos conservadores que predominaban en el interior, entendió que la influencia de los diputados que comenzaban a llegar sería negativa para el desarrollo de la revolución y se opuso a su incorporación al ejecutivo. Triunfó la posición encabezada por Saavedra y Moreno se vio obligado a renunciar y a alejarse del país, encabezando una misión diplomática en diciembre de 1810. Murió misteriosamente en alta mar el 4 de marzo de 1811.
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del Museo Histórico Nacional
Durante el período de la anarquía, se retiró a Montevideo, de donde regresó al constituirse el gobierno de Martín Rodríguez, en octubre de 1820. En 1822 se le otorgó el retiro absoluto del Ejército. Siendo ya un anciano, ofreció sus servicios en ocasión de la guerra con el Brasil. El gobierno, por medio del ministro de guerra, Coronel Marcos Balcarce, le hizo saber que agradecía el ofrecimiento y que, llegado el caso, sería aceptado con la consideración que se debía a su avanzada edad. Murió en Buenos Aires el 29 de marzo de 1829. En diciembre de ese año el gobernador de Buenos Aires, Juan José Viamonte, trasladó los restos de Saavedra a la Recoleta y le brindó un homenaje. En el decreto decía:
El primer comandante de Patricios, el primer presidente de un gobierno patrio, pudo sólo quedar olvidado en su fallecimiento por las circunstancias calamitosas en que el país se hallaba; pero después que ellas han terminado, sería una ingratitud negar al ciudadano tan eminente el tributo de honor debido a su mérito y a una vida ilustrada con tantas virtudes que supo consagrar entera al servicio de la patria. El primer comandante de Patricios, el primer presidente de un gobierno patrio, pudo sólo quedar olvidado en su fallecimiento por las circunstancias calamitosas en que el país se hallaba; pero después que ellas han terminado, sería una ingratitud negar al ciudadano tan eminente el tributo de honor debido a su mérito y a una vida ilustrada con tantas virtudes que supo consagrar entera al servicio de la patria.
