El sumergible fue construido a principios de la década de 1980 en el astillero alemán Thyssen Nordseewerke y contaba con 65 metros de eslora (el largo del buque), un diámetro de casco resistente de siete metros y era propulsado por cuatro motores diésel MTU 16 V de 6720 HP.
El San Juan tuvo una reparación de media vida que se extendió entre 2007 y 2014 en el complejo Tandanor, tarea que incluyó más de 600 trabajos, entre ellos el replacado de las 960 baterías y el reemplazo de sus cuatro motores.
En 2016, el entonces jefe de Gabinete Marcos Peña informó al Congreso que el submarino "estaba operativo" en la base de Mar del Plata.
El funcionario fue advertido por legisladores sobre la necesidad de llevar el submarino hacia "dique seco" para efectuarle reparaciones, pero no contestó sobre ese requerimiento.
Informaciones periodísticas consignaron semanas después de la tragedia que se había reportado en el submarino un problema con el snorkel (la válvula de acceso de aire), que originó el ingreso de agua a la nave.
El 8 de noviembre de 2017, la nave había partido desde la base naval de Ushuaia en una misión de patrullaje por el litoral marítimo argentino, y se sabe que un día antes de su desaparición reportó un desperfecto eléctrico y un principio de incendio en su sala de máquinas, que resultó subsanado por la tripulación.
Por la noche del día 16, los medios de comunicación informaron que las autoridades habían perdido contacto con el submarino, cuando la nave se encontraba a 432 kilómetros de la costa patagónica, a la altura del Golfo San Jorge. Horas más tarde, el Ministerio de Defensa a cargo de Oscar Aguad reconoció el extravío de la nave, y activó el protocolo SAR para la búsqueda y rescate de embarcaciones.
Con las operaciones en marcha, el 23 de noviembre, el vocero de la Marina, capitán de fragata Enrique Balbi, informó a la prensa que la Marina de los Estados Unidos y la Organización del Tratado para la Prohibición Completa de los Ensayos Nucleares (CTBTO), con sede en Viena, Austria, habían detectado "un evento anómalo, corto y consecuente con una explosión/implosión" en la zona por la cual navegaba el sumergible.
Dos días después, la entonces diputada nacional de la Coalición Cívica Elisa Carrió afirmaba en un programa de televisión que los tripulantes del ARA San Juan estaban "muertos", y el 30 de noviembre Defensa admitió que no había posibilidades de encontrar con vida a los marinos.
El Gobierno de Macri solicitó ayuda internacional y navíos de Argentina, Alemania, Brasil, Chile, Colombia, Estados Unidos, Francia, Gran Bretaña, Noruega, Perú, Uruguay y Rusia participaron de un operativo que se desplegó en un área de más de casi 500.000 kilómetros cuadrados.
El 17 de noviembre de 2018, la Armada confirmó que el Seabed había detectado al submarino a más de 900 metros de profundidad y a 500 kilómetros de la costa patagónica, a la altura de la ciudad de Comodoro Rivadavia. Los restos del ARA San Juan estaban muy cerca de la posición donde el buque oceanográfico chileno "Cabo de Hornos" había indicado que podía encontrarse, una información aportada en diciembre de 2017.
Nueve submarinistas eran jujeños
De los 44, nueve eran jujeños: el teniente de navío Jorge Luis Mealla, el suboficial principal Víctor Hugo Coronel, el suboficial primero Hugo Arnaldo Herrera, el suboficial segundo Franco Javier Espinoza, el suboficial segundo Hugo Dante Aramayo, el cabo principal Leandro Fabián Cisneros, el cabo principal Aníbal Tolaba, el suboficial Daniel Alejandro Polo y el suboficial Mario Armando Toconás.
