El 11 de septiembre en horas de la tarde, se confirmaba la triste noticia. El obispado anunciaba la muerte del Franciscano, quien permanecía internado tras haber desarrollado neumonía por covid.
Desde hace días, en la página de la Basílica San Francisco se venía informando que no evolucionaba favorablemente, por lo cual se solicitaba orar por salud.
Pese a la lucha y la esperanza que se mantenía, el padre Juan José no pudo superar la enfermedad y en la página se colocó el listón de luto.
Pasadas las 17:00 comenzó el último adiós al referente de la San Francisco, el cortejo contó con la participación de varios fieles quienes se acercaron a despedirlo con aplausos. Sus restos descansan en el Cementerio Del Salvador.
